在兒科，醫用灌腸器主要用于治療便秘或進行腸道檢查/手術前準備，極少用于腹瀉治療。腹瀉本身是腸道清除有害物質或病原體的一種機制。在大多數情況下，腹瀉不需要灌腸。如果需要灌腸，通常是出于診斷目的（如收集糞便樣本）或在極少數特殊情況下輔助排出腸道內積聚的毒素或藥物（但風險高且不常規）。

在極少數可能需要使用灌腸器的情況下的“正確操作方法”（需嚴格遵醫囑）：

明確灌腸目的和必要性： 必須由兒科醫生評估腹瀉原因、嚴重程度，并明確灌腸的具體目的和必要性，排除禁忌癥。

選擇溫和的灌腸液和極少量： 如果需要，醫生可能會指定使用生理鹽水或溫清水，并且用量會非常少，遠低于便秘治療時的劑量。

使用兒童/新生兒專用灌腸器： 根據患兒年齡，選擇容量小、頭端柔軟的專用灌腸器。

操作極其輕柔和快速： 患兒腹瀉時腸道黏膜可能處于炎癥狀態，操作必須極其輕柔，減少刺激。插入深度很淺，注入速度要慢。

密切觀察反應： 腹瀉患兒更容易出現電解質紊亂和脫水，灌腸可能加重。必須密切觀察患兒的生命體征、腹脹、腹痛、排便性狀以及精神狀態等。

防止交叉感染： 腹瀉患兒的糞便可能含有病原體，操作者需做好自身防護和環境清潔，防止病原體傳播。

禁忌和風險：

加重脫水和電解質紊亂： 腹瀉本身導致水鹽丟失，灌腸特別是使用大量液體可能加劇。

加重腸道炎癥和損傷： 腹瀉時腸道黏膜脆弱，灌腸刺激可能加重損傷。

引起腹痛和不適： 刺激可能加重腹瀉引起的腹部不適。

掩蓋病情： 不恰當的灌腸可能干擾醫生對腹瀉原因的判斷。